Perhimpunan Alumni Kolese Kanisius Jakarta atau disingkat PAKKJ merupakan wadah alumni yang akan membantu para lulusan Kanisius setelah menyelesaikan masa SMP dan SMA, misalnya dengan bantuan beasiswa dan bursa kerja. Selain itu, PAKKJ juga seringkali mengadakan kegiatan berkala untuk mendukung solidaritas antarangkatan, termasuk dengan mereka yang masih duduk di bangku SMP dan SMA.

Sekretariat PAKKJ terletak di lantai 5 gedung utama Kolese Kanisius Jakarta. Dewan Pembina PAKKJ periode 2003-2006 diketuai oleh Bapak Fauzi Bowo, sedangkan Ketua Umum Dewan Pengurus Pusat adalah Michael Tedja dengan Sekretaris Jenderal Jacobus Dwihartanto. Untuk periode 2006-2009, Ketua Umum DPP adalah Jacobus Dwihartanto dengan Sekretaris Jenderal Phoa Bing Hauw. Ketua Dewan Pembina adalah Fauzi Bowo.

Pada kepengurusan periode 2009-2012, Dewan Pembina PAKKJ diketuai oleh Bapak Fauzi Bowo, sedangkan Dewan Pengurus Pusat dipimpin oleh Adhi I. Anondo sebagai Ketua Umum dan FX Arifadi Budiarjo sebagai Sekretaris Jenderal.